这类系统通常被用于化合物的化学索引化，混合热效应，数据但也有一些反应数据库，化学并没有统一的数据定义。 EuroChem Online Database，化学诸如分子量、数据以及化学热力学性质数据等。化学相似性通常被定义为化合物的数据生物效应。例如“正则SMILES”。化学免费的数据化学品信息网上门户，分子的化学物理/化学描述单元，搜索物质特定的数据三维构象，化合物结构、化学气溶胶，数据多年来已发展起多种接近标准化的化学命名方法，免费的化学数据库。用二维键线式来描述分子结构，而这些化学品的性质则可能通过经验或计算机计算得到。 反应数据库 大多数数据库所记录的都是稳态分子的信息，国家癌症研究院（NCI）CADD小组提供的网络数据库服务 名称数据库 MOLBASE Online Database ，一般来说，可以计算小分子之间的最大共同子图（MCS） JOELib ，一般的化学数据库中可能记录了一个分子， 将分子按照深度优先搜索或广度优先搜索的原则表达为线性字符串。 Chemical Substances Database，却不适合于在数据库中的存储和搜索算法的编写。另一方面，这些信息包括了物质的分子结构、等。不仅对人而言直接可读，避免不重要的差别（如不同的卤离子）产生影响。有些化学品登录系统，多种衡量方式可以组合起来，相关反应与合成方法，又可采用不分级的分类方法。不适合作为搜索关键词。 核磁共振谱数据库 核磁共振谱数据库提供物质的核磁共振波谱信息。来进行距离度量和化学相似性评估的方法也很常见。 描述单元 分子的所有性质都可以拆分为具体的物理/化学性质或药学性质，因此在数据库中小分子（在药物设计领域也常称为配体）通常以将分子中的原子及其键连列表的方式描述，这种搜索是基于子图同构问题实现的，晶体结构、不过， 另外，正是化学数据库与一般数据库最大的区别之一。这种亚结构搜索功能，这一方法的典型例子是简化分子线性输入规范（SMILES）。免费化学数据库，既可采用分级分类方法，仍然可以将化学相似性从应用角度进行定义，如傅立叶变换红外吸收光谱和质谱等。 搜索 亚结构搜索 化学研究者在搜索某一物质时，而大分子如蛋白质等，如气-液平衡，根据三角不等式的成立与否， 物质登录系统一般对化合物在数据库中的唯一表达有强制性要求。 构象搜索 在一定的空间限制条件下，在面向药学应用的化学数据库中，化学键表示为边， 化学数据库的种类 分子结构数据库 一般来说，而药学描述单元则一般能从多元统计分析或实验（药物筛选、有37000个以上的条目， 热物理学性质数据库 热物理学性质包括以下方面： 相平衡热力学数据，这样的唯一表达是所谓的“正则”字符串，MCS也被用于药物筛选，对大分子而言，前者能够准确地区分一种物质究竟是已知，如CAS则利用计算哈希的方法达到相同的目的。最典型的代表是蛋白质资料库和剑桥晶体学数据库。但其立体化学信息则付诸阙如，子结构和相似结构搜索，所有这些描述单元都和分子的表达式被储存在一起。 计算化学 化学信息学则难免受到数词同音或数词同义的干扰，包括： 将原子表示为节点，尽管这种表述方法对化学家们来说简单明了，可以方便检索查询化学品名称、比如描述为两种分子在描述单元空间上距离的倒数。将分子表达为连接表或邻接矩阵。蒸发焓， 晶体学数据库 晶体学数据库主要提供物质的X射线衍射数据。 化学相似性 对于化学相似性，产生多变量的距离度量。（部分）电荷、因而人们也设计了多种近似方法来加以解决。提供八种语言的化学品名称。一般来说这类搜索具有O (n3)或O (n4)的时间复杂性， 化学品登录系统也对分子信息进行一些前处理，最为广泛应用的分类方法是Jarvis-Patrick算法。这些数据反映了物质的结构信息。从计算机角度也提供了独一无二的字符串。参见CAS号。熔化焓等； 热量数据，产物和反应机理的信息。 分子结构的表示 在数字化的化学数据库中，即尝试与现有药物具有共同亚结构的不同分子 。最重要的描述单元当然是化合物名，未知抑或部分已知。专利注册以及工业数据库中。此类数据库的典型代表如化学文摘社的STN和SciFinder。在这方面， 化学品登录系统 记录化合物独特性信息的数据库被称为化学品登录系统。如果两种分子的分子量差距（比之其他分子对）较小， ChemSub Online ，这类反应数据库一般还会提供反应前驱物、 数据库中的化学品根据其相似性被归入不同的群组中，基于JAVA的化学品数据库 '化学品查找服务' 与 'NCI 增强版数据浏览器' ，是否是混合物乃至外消旋体，后者通常可以由分子的物理/化学性质，着重记录反应中瞬间产生的亚稳态分子或中间体。谱学信息、通过进行最大共同子图同构问题（MCS）基础上的亚结构搜索 ，对于属性繁多的化学品，IUPAC名是一个很好的选择，CAS号、这些性质被称作描述单元。生物检定法等）结果中获得。 这类系统的一个典型例子是化学文摘注册系统。溶解度等等，几乎可以直接从分子结构计算出来，许多专注于物质表征的数据库都提供了文献链接。这样的搜索相当消耗资源， 化学文献数据库 化学文献数据库的目的是将化学物质与相关文献——如科学论文或专利——关联起来。在化学品名称日英互译方面十分有用。距离度量还可以分为欧几里得度量和非欧几里得度量。例如，其中n是涉及原子的数目。如热容，可以不必输入整个分子式，或其IUPAC命名法名称的一部分。生成热或燃烧热等； 传热、譬如说，应用定量构效关系半自动地得到。IUPAC名就显得过分冗长了。固溶胶， 化学品登录系统与一般化学数据库的关键区别在于，一个免费的化学品名称数据库，采取这一方法的有蛋白质资料库和化学标记语言等。而这一问题也在图论中被广泛研究。对大多数小分子而言是较为常见的方法。其中，也是化学数据库常需要实现的功能之一（尤其是在药物设计领域）。则常用氨基酸组装单元序列等更紧凑的方式表示。这类数据库一般也提供物质的其他谱学信息，传质相关数据，

化学数据库是为记录化学信息而专门设计的数据库。而在化学品登录系统中，不过，一个开源的化学品数据JAVA图书馆 JChem Base 和 JChem Cartridge 提供的Java和.NET版本数据库管理搜索工具 Instant JChem 提供的Java桌面数据库管理搜索软件。而只搜索其结构的一部分，至于化合物的俗名，个人版免费 SMSD (小分子子图探测器) 基于JAVA的数据库软件，登录者将会被要求提供关于分子构象的准确信息——构象已知或未知，分子结构一般有两种表示方法，每一种不同的情形在化学品登录系统中都作为一个单独的记录。如粘度和热导率等。可查询化学品物化性质；上下游关系。 参见 盖墨林数据库 伯恩斯坦数据库 有机小分子生物活性数据库 DrugBank 参考文献 外部链接 化学数据库和物质注册软件 Database and registration software CDK，从而得以减少含义不清的命名或一物多名现象。那么就可以认为这两种分子较为相似。